Das Problem tritt bei mir gerade an dieser Stelle gerne auch ohne Zeitraffer auf. Es gab glaube ich im Forum mal ein entsprechendes Thema mit einer ausführlichen Analyse von Johannes; weitere Infos habe ich dann im Laufe der Zeit hier gesammelt:
viewtopic.php?p=295338#p295338 (Auch wenn die Auswirkungen im verlinkten Thema leicht unterschiedlich sind und dort nur einzelne Kacheln betreffen)
Hauptproblem ist, dass Carsten mal irgendwann einen Rückler beim Entladen von Objekten festgestellt hat. Daraufhin hat er eine Bremse eingebaut, dass nur eine gewisse Menge an Objekten gleichzeitig entladen werden. Diese Bremse sorgt jedoch in der Praxis für mehr Löcher in der Landschaft als ohne. Und das ist hier auch der Fall. Dazu kommt noch ein Bug in der Nachladeroutine: Sobald das Modul in Sichtweite kommt, lädt Zusi einmal alle Landschaften, entlädt diese dann sofort wieder, und lädt sie dann erneut, sobald nicht nur das Modul sondern auch das ganze Objekt in Sichtweite kommt. Die Laderoutine kommt beim Laden zwar bei modernen Rechnern problemlos hinterher, aber durch die Entladebremse kommt es dazu, dass die Landschaft erst kurz vorher zum Entladen vorgemerkt wird, und sich hierdurch dann ganz hinten in einer langen Schlange anstellen muss, die zudem recht langsam abgearbeitet wird. Wenn Zusi feststellt, dass die Landschaft doch wieder geladen werden muss, setzt Zusi (wohl) auch nicht einfach sofort das Entladeflag zurück, sondern es muss gewartet werden, bis das Entladen vollständig durchgeführt wurde, bevor neu geladen wird.
Eine wirkliche Lösung ist mir nicht bekannt, außer anzuhalten. Pause drücken hilft nichts, denn während der Pause ist das Entladen auch pausiert. Es hilft glaube ich, im Menü "Zug wechseln" zu drücken und dann in den eigenen Zug zu wechseln. Ich habe noch keine Testreihe gemacht, aber vermutlich hilft es auch, wenn die Fps höher ist.
(Und ja, ich hab gleich mal getestet, und es ist aufgetreten; und im Objektbaum stand wieder "Löschen Läuft / Löschen Läuft", allerdings in diesem Fall mit Zeitraffer zwischen Lehrte und Ehlershausen.)